1602년 8월 29일, 선조의 첫 왕비 의인왕후 박씨(1555~1600)가 승하하고 2년뒤 자신보다 29살 많은 선조의 두번째 왕비로 간택되어 혼례를 치루게 됨. 당시 김씨의 나이는 19세로 조선시대 평균 여성의 초혼연령보다 매우 늦은 나이였음.

이 시기가 임진왜란이 발발한 시기라 김씨 역시 10대 후반이 되도록 결혼을 못하고 있었고 무엇보다 선조는 당시 왕세자 광해군과 갈등이 있었기에 정궁 왕비로부터 적자를 얻고 싶은 욕심이 강했던것으로 보여짐.